La orden de los Padres Mercedarios, fue fundada en España para el rescate de los cristianos cautivos y su presencia en la Córdoba se remonta a finales del siglo XVI. El primer templo en este emplazamiento data del año 1697. La fachada principal, de 1869, es una obra de los arquitectos Bettoli y Kánepa, que eligen un clásico italianizante, algunas características de las basílicas romanas e influencias del Eclecticismo que otorga libertad de expresión.

Pese a las transformaciones sufridas, se ha conservado el púlpito barroco de 1776, cuya riqueza solo es superada en Argentina por la iglesia Catedral de Jujuy. Su puerta principal de madera de Cedro Paraguayo también constituye una obra de arte, y su altar de fines del siglo XVIII emula el tabernáculo de la Compañía de Jesús, hoy en Tulumba. Está ubicado en la calle 25 de Mayo, esquina Rivadavia.9Fue declarada Basílica en el año 1926 dado que su patrona, Nuestra Señora de la Merced, fue coronada como generala del Ejército argentino por el General Manuel Belgrano